Ex abbaye Bénédictine, construite sur l’ancien site de la cella d’Isiates, le nom de son fondateur nous est inconnu.
Si la liste en notre possession, des abbés qui se sont succédés à la tête de l’abbatiale de Joncels débute au VIIIème siècle, plusieurs historiens font remonter son existence au VIIème siècle en précisant qu’elle est vraisemblablement la plus ancienne de notre Région.

Le village attenant à l’abbatiale est fortifié tout comme elle, car l’abbé qui la régissait se trouvait être également Seigneur du village et se devait donc de défendre les habitants en cas d’attaque extérieure.

Indépendante jusqu’en 909, elle va être rattachée à l’abbaye de
Psalmodie (commune de Saint Laurent d’Aigouze dans le Gard). Après une période de relâchement l’abbatiale se trouvant au plus mal, Fulcran évêque de Lodève qui lui était très attaché va faire restaurer l’abbatiale et mette à sa tête Etienne un de ses abbés, fervent défenseur de la règle bénédictine. L’abbatiale va alors retrouver toute sa prospérité et en 980, 28 églises vont en dépendre des diocèses de Béziers, Agde, Rodez et Lodève. En 1136 le monastère retrouve son indépendance 18 moines y vivaient. Qui dit indépendance, dit relâchement des observances, les moines sont rappelés à l’ordre à plusieurs reprises. En 1321 l’Evêque de Beziers Guillaume Fredol à la demande du pape Jean XXII promulgue des statuts de réforme afin que la discipline soit respectée. En 1361 le Pape Urbain V décide à son tour de rattacher l’abbaye de Joncels à la puissante abbaye Saint Victor de Marseille. Il faut reconnaitre que l’abbaye de Joncels vit les premières conséquences d’un des trois événements tragiques de son histoire.

Premier événement tragique pour l’abbatiale : la guerre de cent ans des troupes de mercenaires se prêtent à de nombreuses exactions, en 1379 par exemple l’abbaye va être occupée et dévastée par Benoit Chaparel bâtard de Savoie. Ces attaques et occupations l’affaiblissent car il lui faut à chaque fois subir des restaurations.
A la fin du XVème siècle, elle connait le second événement : un conflit avec l’abbaye de Villemagne qui était limitrophe.
Le plus grave fut le troisième événement : Les guerres de religion. En effet, Claude de Narbonne fervent capitaine des troupes Huguenotes, se rend à Joncels avec ses troupes, le monastère va être entièrement saccagé, les trois quarts des archives seront brûlées. L’abbaye étant ruinée, les moines se disperseront dans les maisons du village en attendant la reconstruction des bâtiments conventuel et la restauration de l’église abbatiale.
Entre 1710 et 1737 l’abbaye est restaurée, les moines auraient pu
reprendre leur vie monacale, mais ils demanderont à devenir collégiale.
En 1750 une bulle du Pape Benoit XIV transforme l’abbaye de Joncels en collégiale. En 1789 la révolution française sonne le glas pour l’abbaye de Joncels, tous ses biens reviennent à la commune.